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Archive for the ‘生物统计’ Category

对用R编程做统计分析的人来说,Rstudio是个好东西。我去年学了R Shiny将统计程序做成网页,这样别人就可以很方便用你的程序。简单地说,就是用户可以在线输入,或者上载数据,R在后台做统计计算,然后将结果(数据或图)在线显示。我将我和同事一起做的两个R程序做成Shiny网页,其中一个还得了公司内部竞赛奖呢。

最近我学了R Markdown写统计分析报告,其方便之处在于可以将R的代码嵌入文档中,运行后统计计算结果(数字、表格或图)会自动填入文档(可以生成Word、HTML或PDF等格式的文件)。 (more…)

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本周星期四,9月12日美国FDA(Food and Drug Administration,食品和药物管理局)召集了癌症专家委员会(ODAC, Oncologic Drugs Advisory Committee),评价Perjeta用于治疗Her2阳性的早期乳腺癌的效益/风险。此专家委员会以13:0的投票(1票弃权)建议FDA加快批准Perjeta用于Her2阳性的早期乳腺癌治疗。

Perjeta(联合Herception和化疗药物)在2012年6月被FDA批准用来治疗Her2阳性的晚期乳腺癌。要想早期病人也能使用Perjeta,必须有新的临床试验证明此药对早期乳腺癌病人有效(效益大于风险)。 (more…)

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三月和Biostat几位同事一起组织的Bayes讲座PTS(Probability of Technical Success)取得很好效果。有些同事反馈想要更多时间做练习(practice),同时有些同事因为在家上班没参加成那次讲座。于是我们几个组织的人决定六月再举办一次PTS的讲座,Biostat的头决定英国site所有的statistician至少要参加一次PTS的座,也就是说没参加三月讲座的人一定要参加六月的。这次六月的讲座由我领导(lead)。

首先是开一次会(meeting)讨论讲座的agenda(内容安排), (more…)

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星期天至星期三去Cotswold参加PSI(Statisticians in the Pharmaceutical Industry)会议。会议在湖边的宾馆,我的房间有大落地窗,窗外就是湖,风景很好。不过第一天晚上我睡得不好,早上醒来很早,有人说可能是被湖里的鸭子吵醒的。第二天我就听听报告,今年Safety相关的内容作为头场戏,接着是同时进行的一些主题,大家可以选自己喜欢的去听。晚餐后有Barn Dancing,是苏格兰集体舞,有乐队,有人教大家怎么跳。每曲舞由一些基本动作组成。其中一曲还要不断换舞伴,于是大家就相互打过照面了。我是第一次跳,很好玩。十点半后我回房间准备星期二的报告,结果十二点多才睡觉,早上又是五点多就醒了。 (more…)

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我们Biostat几位同事组织了关于Bayesian的系列讲座,我是组织成员之一。去年第一次讲座粗浅介绍了Bayesian方法。今年接着讲应用,这次要讲临床试验中由II期试验的数据来预测III期试验的成功概率,涉及怎样用SAS软件中的proc MCMC计算Bayes模型(Bayesian Model)相关的模拟(simulation)。经过粗步讨论,决定不讲Markov Chain Monte Carlo(MCMC)的理论,甚至不讲MCMC是怎样做模拟。我负责讲“Key Features of proc MCMC”,大概十五分钟的内容。

我想如果只讲编程语法和输出结果,一点都不理解方法,大家肯定会乱用。我认为一定要强调检查马尔可夫链(Markov Chain)是否收敛(convergence),不然结果错了也不知道。打算做点动画,把MCMC模拟过程显示出来,让大家知道收敛前和收敛后区别是怎样的。后来在给同事讲解时发现基本的方法还是要讲一讲的,便又加了Metropolis algorithm的讲解,先讲个大概,再加点数学公式,做到大家都有个粗浅概念,而想了解深一点的人可以多知道一些。 (more…)

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我准备就”R Clinic”中普遍被问的问题做个FAQ。其中一个同事email里问了”Validation of output from R”的问题。估计这个”R validation”的问题一直会有人提,就列为第一个问题吧。

R Clinic: Use R in FDA/Regulatory submission?

It is often asked whether R is “validated” for use in clinical trials. (more…)

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R Clinic 2011年1月21日,星期五

有同事问能不能给公司内想学/初学R (The R Project for Statistical Computing) 的人作辅导(mentoring),我觉得正式辅导很花时间,他们可以参加培训。不过我愿意回答他们学习或应用中的问题。然后有同事建议我开一个“R Clinic”,就是每两周或三周花一个小时,找一个房间,让有问题的同事来问问题。这样比较有效利用我的技能和时间。

我们考虑到不能让别人把这个服务当成辅导或最后演变成帮人写程序,决定要把目的和服务范围先界定清楚。我起草了“倡议书”,同事帮我修改润饰,给Biostat和SPA的所有同事发了一封email,说了初步设想,请对这个服务有兴趣的人回复。

Hi,

Because of the increasing interest of learning and using R in xx, I’m thinking of setting up an “R Clinic”. (more…)

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星期二,12月7日,何给我带回来一则报纸上的消息,说有研究表明服用低剂量的阿司匹林(Aspirin)数年可以使数种癌症死亡风险降低最多达到一半。特别指出此研究发现经过五年的跟踪调查,研究中包含的所有癌症平均死亡率降低了34%,肠胃癌的死亡率降低了54%。此消息登在London Evening Standard报纸上,标题“Fight cancer with aspirin, GPs told”,原文如下:

Doctors were today urged to start prescribing aspirin after a study showed that taking small doses for several years can cut the risk of death from a range of cancers by up to half.

Dr Laurence Buckman, chairman of the GPs committee at the British Medical Association, said that those over 50 in particular should take the 75mg doses “as long as they don’t suffer from stomach or duodenal ulcers or from asthma that gets worse with taking aspirin”.

The research found that after five years of follow-up, death rates for all cancers fell by 34 per cent and for stomach and bowel cancers by 54 per cent.

这个消息是好得让人难以相信,我决定找文献看,到底阿司匹林能否提高癌症病人的生存率(五年生存率指百分之多少的癌症病人能活到五年)。今年还是有几篇关于阿司匹林与癌症的文章,最新的一篇就是12月7日发表在The Lancet上,也就是这篇报纸消息的来源。

稍微看一下文章的数据,发现这个报纸的消息纯粹是误导。 (more…)

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今天听了Royal Marsden Hospital的Stan Kaye教授来公司给的讲座”Ovarian cancer – are we making progress at last?”,介绍了很多关于卵巢癌(Ovarian Cancer)的分子靶向(molecular target)治疗,比如VEGF(vascular endothelial growth factor, 药物有Roche公司的Avastin), homologous recombination的PARP (poly ADP-ribose polymerase), PI3K/AKT和alpha folate receptor。

其中PARP inhibitor新药Olaparib(AstraZeneca公司)有一个proof-of-concept的phase II 临床试验(clinical trial)表明对BRCA1或BRCA2有变异(mutation)的卵巢癌病人有一定效果。这些病人之前接受过其它化疗却无效。

以前没听说过PARP,不过我还是知道BRCA1或BRCA2变异的人患乳腺癌的风险是很高的。而那个VEGF靶向药物Avastin也是治疗晚期乳腺癌的药物。还有PI3K/AKT也是乳腺癌的一个分子靶向。 (more…)

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最近在看贝叶斯方法(Bayesian)在临床试验(Clinical trial)中的应用,找到一篇很有意思的文献,讲的是用贝叶斯方法寻找不同乳腺癌药物的生物标记(Biomarker)。

我们都知道Herceptin对HER2(Human Epidermal growth factor Receptor 2)阳性的人群有效果,但对HER2阴性的人没什么效果,所以乳腺癌药物治疗前会检测病人的HER2水平。这里的HER2就是一种生物标记。癌症病因很复杂,不同的人可能需要不同的药,生物标记就显得特别重要。

一般来说,一种成功的癌症药物从临床试验到获得上市许可需要10到20年的时间,况且在癌症领域60% – 70%的晚期药物临床试验(phase III clinical trial)最终失败。为了加快癌症药物的开发,也为了药物更有针对性(Personalized Healthcare),美国Biomarkers Consortium赞助了一个有多个临床试验中心和药物公司参与的临床试验,在五年内试验12种药物和14种生物标记。 (more…)

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